Ngay lập tức sau khi lên ngôi, Vũ Đế đã truy tôn chính thất mới qua đời là Vũ Mục Hoàng hậu, và lập người con trai lớn tuổi nhất (với bà), Tiêu Trường Mậu, làm thái tử. Vũ Đế cũng cho phép cải táng với vinh dự thích hợp đối với một số người trước đây đã chống đối Cao Đế như Thẩm Du Chi, Viên Xán (袁粲), Lưu Bỉnh (劉秉), và Lưu Cảnh Tố (劉景素), với lý lẽ rằng đây là những quần thần trung thành. Vũ Đế phần lớn tự mình xử lý các việc trọng đại, trong khi Vương Kiệm, Vương Yến (王晏), hoàng đệ Tiêu Nghi, và hoàng nhi Tiêu Tử Lương đóng vai trò là những quân sư quan trọng. Tuy nhiên, các phụ tá của ông như Lã Văn Độ (呂文度), Như Pháp Lượng (茹法亮), và Lã Văn Hiển (呂文顯) cũng có quyền lực lớn ở phía sau.

Năm 483, đã xảy ra một việc được cho là vết nhơ của Vũ Đế, khi đó, ông vẫn bực bội trước việc Tuân Bảo Ngọc đã bẩm báo cho Văn Đế về những hành động sai trái của mình, vì thế đã vu cáo Tuân cùng với tướng Viên Sùng Tổ (垣崇祖, được ông coi là bẵng hữu của Tuân) phản nghịch rồi xử tội chết. Vũ Đế cũng định tội chết đối với vị tướng Trương Kính Nhi (張敬兒) đầy tham vọng cùng với viên quan Tạ Siêu Tông (謝超宗).

Năm 485, không hài lòng trước việc Lý Thúc Hiến (李叔獻)-thứ sử Giao Châu (交州, nay là miền Bắc Việt Nam) chỉ phục tùng trên danh nghĩa trong khi trên thực tế lại tự ý hành động, Vũ Đế đã sai tướng Lưu Khải (劉楷) dẫn quân đi đánh Lý Thúc Hiến. Lý sợ hãi và đã chạy về Kiến Khang để quy phục. Cũng trong năm đó, Vũ Đế đã tái lập Quốc Học và sáp nhập các cơ sở nghiên cứu tổng minh quán (總明觀) của hoàng gia vào cơ cấu này, và cho Vương Kiệm đứng đầu Quốc Học.

Cuối năm 485, nhiều người lo sợ về việc Vũ Đế sử dụng một cơ quan điều tra nhân khẩu mới để khám phá ra các trường hợp gian lận thuế và sẽ truy tố họ, vì thế họ đã cùng với Đường Vũ Chi (唐宇之) nổi loạn tại Phú Dương và chiếm được một số quận, Đường xưng đế vào mùa xuân năm 486. Tuy nhiên, cuộc nổi loạn của Đường chẳng lâu sau đã bị đàn áp.

Năm 487, một di dân tên là Hoàn Thiên Sinh (桓天生), tự tuyên bố rằng mình là hậu duệ của Hoàn Huyền, đã nổi dậy tại Nam Dương và được Bắc Ngụy trợ giúp. Tuy nhiên, Hoàn Thiên Sinh đã bị đánh bại vài tháng sau đó.